Dans les années 1990, une crise immobilière touche son sponsor qui ne peut lui construire le trimaran de ses rêves, pour partir à la chasse aux records. Elle signe petit à petit son arrêt de la compétition de haut niveau, mais n'arrête pas pour autant la navigation, sa passion. Elle assiste au départ des grandes courses et partage son temps entre Paris et Marseille, où elle est installée à La Madrague. Il faut dire aussi que Florence est une guerrière sur mer, "incontrôlable" sur terre. Elle aime s'amuser, faire la fête, boire et fumer… ce qui n'est pas au goût des sponsors. "J'ai profité de cette époque extraordinaire où les femmes ont gagné leur liberté — pilule, avortement, peace and love."
En 1989, elle enregistre, en duo avec Pierre Bachelet : "Flo".
En 1993, Florence Arthaud devient maman d'une petite fille prénommée Marie, qu'elle a eue avec le navigateur Loïc Lingois. "Comme pour toutes les mères, ce jour est sans doute l'un des plus beaux de ma vie. J'ai connu des moments magiques, mais aucun comme celui-là. Donner la vie a quelque chose de divin." En 1997, elle remporte la Transpacifique en duo avec Bruno Peyron et navigue sur la Solitaire du Figaro. En 2002, elle tente de rassembler la somme nécessaire pour racheter le trimaran Sport-Elec, sur lequel a navigué Olivier de Kersauson, pour réaliser le record du tour du monde en solitaire, mais n'y arrive pas. En 2004, elle participe à la transat en double Lorient-Saint-Barth avec Lionel Péan.
En 2005, elle se marie avec Éric Charpentier, mais son mariage prend rapidement l'eau. "La fête fut longue et joyeuse, le mariage, lui, ne joua pas trop les prolongations. Je n'ai pas de talent pour la vie de couple. Je voulais juste me marier tout en gardant ma vie de pirate. Difficile à faire entendre, et ce mariage fut un naufrage, avant même le voyage de noces prévu aux Seychelles."
En 2006 et 2007, elle réalise ses dernières navigations de compétition, aux côtés de Luc Poupon, frère de Philippe.
En 2009, elle publie son autobiographie, "Un vent de liberté", préfacé par Olivier de Kersauson, dans laquelle elle raconte sa vie, ses rêves, ses projets, mais aussi ses addictions à l'alcool. En 2010, elle est interpellée en état d'ivresse au volant de sa voiture et perd son permis.
Le 29 octobre 2011, elle tombe dans l'eau, en pleine nuit, au large du Cap Corse. Pour la deuxième fois de sa vie, elle joue avec la mort, passant près de trois heures à essayer de garder la tête hors de l'eau. Son salut, elle le doit à son téléphone portable et sa lampe frontale – grâce auxquels elle prévient sa mère. Son frère prévient immédiatement le CROSS et la navigatrice est sauvée deux heures plus tard, géolocalisée par son téléphone. En état d'hypothermie, elle est transportée à l'hôpital de Bastia, duquel elle sortira le lendemain.
En octobre dernier, pour le départ de la Route du Rhum, elle déplore le manque de présence féminine. Et appuie sur le fait que les sponsors ne sautent pas de joie "quand il s'agit de confier gros bateau à une femme." En 2010, pour fêter le 20e anniversaire de sa victoire, elle aurait voulu s'aligner au départ de Saint-Malo, mais n'avait pas décroché de sponsors. "J'étais un peu dégoûtée. Ils avaient rouvert la course aux grands voiliers. C'était le 20e anniversaire de ma victoire et j'avais l'intention d'y participer sur un immense trimaran, Oman (30 m). Mais je n'ai pas réussi à avoir ce bateau, ils ont préféré le donner à un homme — Sidney Gavignet qui a abandonné sur avarie. Ça m'a définitivement dégoûtée et je me suis dit, c'est bon, j'arrête !"
Florence Arthaud travaillait sur un projet de course réservée aux femmes, dont la première édition doit se dérouler durant l'été 2015, en Méditerranée. Elle est la seule femme, avec Marielle Goitschel à avoir décroché, deux fois, le Prix Monique Berlioux de l'Académie des Sports, en 1978 et 1990. Il récompense la meilleure performance féminine sportive de l'année écoulée.
Pour tous, elle restera la "Petite Fiancée de l'Atlantique". Cette femme à la soif de liberté, aventurière dans l'âme, qui "souffre quand elle ne navigue pas" a mené sa vie de la manière dont elle l'entendait, profitant de la nouvelle liberté des femmes. Attirée par les hommes, la fête et la boisson, elle ne s'en cachait pas mais sa véritable passion restait l'océan "Je ne suis que la fiancée de l'Atlantique, après tout. Aucun homme ne me comblera jamais autant que l'Océan. C'est la mer qui m'emporte et me rassure. Elle me fait vibrer d'un plaisir invisible. Même mon côté fleur bleue ne me retient pas à terre. La vie de couple ne me fait pas réellement rêver. J'ai trop de choses à découvrir. Je veux vivre !"
Elle se faisait plus rare sur la scène médiatique, mais prenant autant de plaisir à naviguer "On me demande aussi si je navigue encore. Chaque année, au départ des courses, j'ai droit à "Florence Arthaud, le retour !", comme si j'avais disparu de la circulation. Mais toutes ces années, j'étais sur l'eau... Mais sur de plus petits bateaux, ou pour des événements moins médiatiques." Ayant déjoué plusieurs fois la mort, il aura fallu un tournage à l'autre bout du monde pour qu'un crash d'hélicoptère ait raison de la vie d'une des plus grandes navigatrices.
Citations extraites de "Un vent de liberté" de Florence Arthaud.