Le Minou est un site stratégique dans la protection du goulet puisqu'il fait face à Camaret et à la baie de Berthaume. En pleine guerre contre les Anglais, qui menacent de débarquer à Brest, on construit alors le Fort du Minou, qui voit le jour en 1700, assurant la protection française. Ce lieu, à principale vocation militaire, va jouer un nouveau rôle avec la construction du phare du Petit Minou.
Celui-ci est construit en 1848 sur la pointe du Petit Minou – d'où son nom – à la demande de l'état. En effet, c'est la Marine qui demande la construction de deux feux d'alignement pour sécuriser l'accès à la rade, parsemé de rochers. Le projet est présenté en 1839, mais il faudra attendre quatre ans pour que soit signée la décision d'engager des travaux et que la tour cylindrique puisse voir le jour.
Le phare d'une hauteur de 26 m se trouve dans l'alignement du phare du Porzic et signale l'entrée en rade de Brest. On y accède par un pont en pierre, qui le relie à la commune de Plouzané. Il est construit en pierre de taille extraite de la carrière de l'Aber-Ildut, sous la supervision de Louis Plantier, ingénieur des Phares et Balises.
Il est mis en service en janvier 1848 et culmine à 34 m au-dessus du niveau de la mer. Le signal du phare est constitué de deux secteurs - blanc et rouge - à 2 éclats toutes les 6 secondes, avec une portée respective de 19 miles et 15 miles. On trouve également une corne de brume d'un son toutes les 60 secondes.
Le secteur rouge sert à délimiter le plateau des Fillettes, une des roches immergées du goulet de Brest. Pour s'en souvenir, les marins ont d'ailleurs inventé un moyen mnémotechnique : "Le Minou rougit quand il couvre les Fillettes."
Dans les années 1890, il est repeint en blanc sur la face sud-ouest pour qu'il soit plus visible depuis la mer.
Après la guerre, le site militaire est délaissé et le fort du Minou laissé en mauvais état par l'occupation allemande. Il ne reste alors plus que le phare et la maison du gardien. Mais en pleine guerre froide, dans la crainte d'attaque contre la rade, on construit alors une tour blanche un moins haute que le phare, juste devant lui. On installe à son sommet un radar qui permettra de surveiller le goulet jusqu'au début des années 1980 — la tour radar du Sémaphore de la Marine Nationale — avant d'être démonté.
Il est automatisé en 1989 et contrôlé depuis la station de contrôle du phare du Créac'h à Ouessant.
Jusque-là, le site du Minou était un emplacement militaire, et donc interdit au public. Mais finalement, l'état décide de le vendre, rendant la visite possible. À noter que le phare est fermé en cas de fortes tempêtes, puisque la mer vient à passer par-dessus le pont. On peut d'ailleurs y accéder par un superbe chemin côtier (le GR-34) qui permet d'accéder à une plage en contrebas, pour un point de vue différent. La plage du Petit Minou est d'ailleurs un spot réputé dans le monde du surf.
